AURI dituduh terlibat peristiwa Gerakan 30 September (G30S) 1965. Tudingan ini berkaitan dengan surat perintah Menteri/Panglima AU Laksamana Madya Udara Omar Dani yang dianggap mendukung G30S
“Mendukung Gerakan 30 September yang mengamankan dan menyelematkan revolusi dan Pimpinan Besar Revolusi terhadap subversi CIA,” demikian salah satu isi perintah Omar Dani.
Dalam biografinya Tuhan Pergunakanlah Hati, Pikiran, dan Tanganku yang disusun Benedicta Surodjo dan J.M.V. Soeparno, Omar Dani mengakui bahwa keputusannya itu adalah keliru. Tekanan dalam surat perintahnya adalah untuk melindungi Presiden Sukarno selaku panglima tertinggi. Namun seruan perintah itu kadung membuat ketegangan antar matra.
Baca juga: Omar Dani, Sukarno Kecil dari AURI
Gesekan terutama menyulut Angkatan Darat yang menaruh curiga kepada AURI. Apalagi berkembang isu bahwa AURI akan membom markas Kostrad dengan pesawat bomber. Rumor ini sempat bikin Panglima Kostrad Mayor Jenderal Soeharto ketakutan sekaligus menyimpan dendam kepada Omar Dani.
Untuk mengindari friksi lebih lanjut, Presiden Sukarno turun tangan. Omar Dani dicopot dari jabatan Panglima AURI. Posisinya dialihkan menjadi Menteri Panglima Komando Pelaksana Industri Pesawat Terbang (Kopelapip). Omar Dani diinstruksikan melakukan muhibah ke berbagai negara menjajaki kerja sama untuk pengembangan industri dirgantara.
Baca juga: AURI Ingin Membom Markas Kostrad?
Pada 19 Oktober 1965, Omar Dani berangkat ke Kamboja. Di sana, Dani bermukim di ibu kota Pnom Penh, menyewa rumah di Vitnei Monivoung, tidak jauh dari rumah konsul RI. Sejak itu, selama hampir enam bulan Omar Dani tinggal di rumah tersebut.
Sementara itu di Jakarta, pengaruh Sukarno mulai goyah. Omar Dani menjadi buruan menyusul Surat Perintah 11 Maret yang memberi kuasa kepada Soeharto. Para intel disusupkan ke Kamboja untuk memata-matai aktifitas Omar Dani.
Baca juga: Omar Dani, Kisah Tragis Panglima Sukarnois
“Dubes Laksamana Muda Udara Budiardjo juga tak dapat berbuat apa-apa, karena Omar Dani waktu itu, resmi masih menjabat sebagai menteri. Demikian pula dari pihak Kamboja tak ada persoalan, karena tampaknya Omar Dani semasa masih Menteri/Pangau, mempunyai hubungan baik dengan pemerintah Kamboja,” tulis Sinar Harapan, 22 Juni 1966.
Tinggal lama di negeri orang, Omar Dani pun bergumul secara batin. Dilema melanda antara pilihan pulang ke Indonesia atau menetap di Kamboja. Istri dan lima anaknya ikut serta, apalagi si bungsu masih bayi berusia empat bulan.
Baca juga: Omar Dani, Panglima yang Dinista
Jika kembali ke Indonesia, Omar Dani akan dijadikan pesakitan politik oleh kelompok Soeharto. Dia bisa saja cari selamat dengan menetap di luar negeri bersama seluruh keluarga; hidup layak dengan mempergunakan keahliannya sebagai penerbang andal. Atau kalau mau, dia tidak sulit minta suaka perlindungan kepada Pangeran Sihanouk, sahabat karib Bung Karno, untuk tetap tinggal di Kamboja.
Baca juga: Misteri Pembela Omar Dani
“Hal ini tidak saya kerjakan justru karena saya berniat untuk mempertanggungjawabkan segala-galanya kepada atasan, kepada rakyat, terutama kepada warga AURI,” kata Omar Dani dalam pidato pembelaannya Mahkamah Militer Luar Biasa (Mahmilub).
Omar Dani pada akhirnya memutuskan pulang ke Indonesia. Dia memilih menanggung tindakan politiknya di depan pengadilan ketimbang melarikan diri ke luar negeri. Pada 20 April 1966, Omar Dani mendarat di Jakarta dengan pesawat C-130 milik AURI.
Prediksi Dani soal dugaan untuk mengadili dirinya benar terjadi. Ketika tiba di tanah air, Dani sekeluarga diamankan ke kompleks peristirahatan AURI di Cibogo, Bogor. Dari situ, Dani kemudian ditahan ke Rumah Tahanan Militer (RTM) Nirbaya untuk dihadapkan ke Mahmakah Militer Luar Biasa (Mahmilub).
Baca juga: Omar Dani Menunggu Hari Eksekusi
“Bapak Hakim Ketua dan Bapak-bapak Hakim Anggota yang terhormat, apakah tuduhan, bahwa saya adalah seorang yang tidak berani bertanggung jawab itu masih berlaku?,” tanya Omar Dani di depan para hakim.
Putusan Mahmilub memvonis Omar Dani dengan hukuman mati. Beberapa tahun menjalani hidup di bui, hukuman Omar Dani diubah menjadi hukuman seumur hidup. Setelah hampir 30 tahun meringkuk di penjara, pada 1995 Omar Dani akhirnya dibebaskan lantaran sudah sepuh. Dia menjalani masa tua hingga akhir hayat dengan damai dan tanpa dendam.