DARI 39 dokumen rahasia AS yang telah dideklasifikasi, lima di antaranya memuat laporan dari Konsulat AS di Surabaya. Dokumen itu melaporkan situasi yang terjadi di Jawa Timur terkait aksi-aksi penumpasan PKI yang melibatkan tentara dan masyarakat. Masing-masing dokumen berupa pesan telegram yang ditujukan kepada Kedubes AS di Jakarta. Pengirimnya tercatat bernama Heyman, konsul AS di Surabaya.
Sejak November hingga Desember 1965, dokumen itu melaporkan situasi keamanan di Jawa Timur yang berdarah. Aksi penumpasan orang-orang komunis berlangsung di berbagai daerah. Amatan dari seorang misionaris lokal pada 21 November yang melakukan perjalanan dari Kediri ke Mojokerto menyatakan banyak jenazah mengambang di sungai-sungai.
“Misionaris itu mendengar pembantaian terbesar telah dilakukan di Tulungagung di mana dilaporkan 15.000 komunis terbunuh,” tulis pesan telegram bernomor seri 183 tanggal 24 November 1965. Pembunuhan terhadap PKI terus berlanjut di desa-desa perbatasan Surabaya. Menurut kepala jawatan kereta api Jawa Timur, sebanyak lima stasiun tutup dikarenakan banyak buruh kereta yang takut bekerja setelah mendengar beberapa rekan mereka dibunuh.
Memasuki bulan Desember, penganiayaan terhadap orang-orang PKI terus berlanjut namun “dalam skala yang lebih rendah dan lebih berhati-hati.” Kendati demikian, suasana sosial tetap mendidih. Pasalnya, beberapa pemimpin PKI diduga masih bersembunyi di Surabaya.
Angkatan Darat mulai berusaha menghentikan pembunuhan. Peran aktif pihak militer dikurangi dengan lebih melibatkan masyarakat berperan dalam pembersihan. Dikabarkan, “tentara melepas 10 sampai 15 tahanan pada malam hari untuk dieksekusi kaum Muslim,” tulis pesan telegram bernomor 203 tanggal 21 Desember 1965.
Operasi pembersihan di Surabaya dilaporkan memakan waktu lebih lama karena banyaknya simpatisan PKI di daerah tersebut. Mereka yang menjadi korban diciduk dari permukiman penduduk. Setelah dieksekusi, mayatnya dikuburkan secara massal daripada dibuang ke sungai.
Sementara di Madiun, orang-orang komunis yang semula ditangkap dan dicap tahanan PKI, dikirim ke warga sipil untuk dihakimi. Menurut sumber NU (Nahdlatul Ulama), yang merupakan anggota legislatif Jawa Timur, kampanye NU untuk memusnahkan PKI yang dilakukan di seluruh Jawa Timur akhirnya diperluas ke pojok timur.
“Sangat sulit untuk menghentikan pembunuhan,” kata Sumarsono, kepala polisi Jawa Timur, dikutip dalam pesan telegram nomor 216 tanggal 27 Desember 1965. “Mungkin beberapa komandan militer lokal ingin menerapkan perintah dari atasan mereka untuk menghentikan pembunuhan, namun menghadapi masalah yang sulit.”