SEJAK Pemilu 1955, Partai Komunis Indonesia (PKI) menjadi partai paling kuat di Daerah Istimewa Yogyakarta. PKI menguasai mayoritas kursi DPRD dari 1955 sampai 1965. Pada pemilu pertama itu, PKI meraih 10 dari 40 kursi DPRD. PKI merebut 14 kursi Pada pemilihan anggota DPRD untuk menggantikan DPRD Peralihan pada 1957.
Menurut Julianto Ibrahim, pada kampanye Pemilu 1955, PKI aktif melakukan agitasi, infiltrasi, dan penggalangan massa di desa-desa melalui organisasi onderbouw-nya. PKI juga melakukan pengkaderan terhadap para buruh perkotaan, mahasiswa, pelajar, guru, bahkan militer. Selain itu, dalam upaya menguasai pemerintahan, PKI lebih suka berkerja sama dengan PNI.
“Upaya melakukan penggalangan massa di desa maupun perkotaan dan bekerja sama dengan partai lain terbukti membawa hasil yang baik pada Pemilu 1955,” tulis Julianto, “Goncangan pada Keselarasan Hidup di Kesultanan,” termuat dalam Malam Bencana 1965 dalam Belitan Krisis Nasional Bagian II Konflik Lokal.
Sementara itu, menurut Selo Soemardjan dalam Perubahan Sosial di Yogyakarta, salah satu faktor yang membuat PKI menarik minat banyak rakyat Yogyakarta adalah model kampanyenya yang berbeda. PKI melakukan pendekatan kepada rakyat dengan melakukan kunjungan langsung yang disebut Anjangsana. Untuk mencegah kejenuhan para calon pemilih, partai membuat sistem rolling kunjungan sehingga tiap kader mengunjungi tempat yang berbeda. Untuk melakukan kampanye ini, PKI membutuhkan kader yang loyal mengingat strategi ini sangat menghabiskan banyak waktu dan tenaga.
Selain Anjangsana, PKI juga menyelenggarakan hiburan rakyat, misalnya pertunjukan ketoprak. Dalam pertunjukan diselipkan dialog yang mengandung nilai-nilai komunisme. Orang-orang berbondong-bondong datang ke balai desa untuk menonton pertunjukan tersebut, mengingat penduduk desa saat itu kekurangan hiburan. Model kampanye yang berbeda ini menjadi metode yang efektif untuk menarik simpati rakyat.
Dominasi PKI di DPRD Yogyakarta berakhir pasca peristiwa 1 Oktober 1965. PKI dan semua organisasinya dilarang. Orang-orang PKI dibersihkan, mulai dari lembaga negara hingga rakyat biasa. DPRD Yogyakarta salah satu lembaga yang melakukan pembersihan terhadap anggotanya dari PKI.
Sebelum peristiwa 1 Oktober 1965, DPRD Yogyakarta melakukan penyusunan ulang anggota pada 26 Januari 1965. Berdasarkan arsip DPRD Yogyakarta No. 1/K/DPRD-GR/1965 terdapat 42 orang yang duduk di DPRD Yogyakarta dengan 8 orang berasal dari PKI.
Bersih-bersih lembaga negara dilakukan berdasarkan Pedoman Pemberantasan PKI dalam Tubuh Aparatur Negara yang ditandatangani Wakil Kepala Daerah Pakualam VIII tanggal 26 Juli 1966. Pedoman tersebut berdasar pada Instruksi Kogam No. 09/1966. Berdasarkan arsip tersebut, diinstruksikan bahwa pembersihan di tiap lembaga berdasarkan laporan kepala dinas di masing-masing instansi. Kepala dinas bertugas untuk melaporkan nama-nama bawahannya yang menjadi anggota PKI atau organisasi yang dekat dengan PKI tanpa perlu melakukan interogasi. Orang yang tidak terima dituduh PKI diberi kesempatan untuk mengajukan pembelaan diri kepada kepala daerah selambatnya September 1966.
Di tubuh DPRD Yogyakarta, terdapat 14 orang yang diberhentikan. Dari Surat Keputusan Pimpinan DPRD DIY No. 14/Kt-DPRD-GR/1965 anggota Fraksi PKI yang dikeluarkan dari DPRD Yogyakarta adalah Sudjiono, Sudibjo, A.M. Hardjono, Djaetun Dirdjowijoto, Nyonya S. Partoarmodjo, Marlan, Suwarno, dan Alimu Hardjodisastro. Sedangkan enam orang lainnya adalah Nyonya Sumarni Effendi (Gerwani), D.D. Susanto (Angkatan ‘45), Sudjadi Tjokroatmodjo (seniman Lekra), S. Djojohutomo (Barisan Tani Indonesia), Nona Murwani (SOBSI), dan Ir. Munadji (cendekiawan). Dari 14 orang yang dikeluarkan, dua di antaranya anggota pengganti yang belum sempat dilantik. Dua orang tersebut adalah Nona Murwani, yang seharusnya menggantikan posisi Sutikno dan Ir. Munadji menggantikan Prof. Ir. S. Purbodiningrat.
Purbodiningrat merupakan anggota DPRD Yogyakarta dari fraksi PKI sejak 1958 hingga 1961. Baru pada 1964, dia masuk sebagai golongan fungsional, khususnya cendekiawan.
Setelah pembersihan selesai dilakukan, DPRD Yogyakarta melakukan pengangkatan anggota baru melalui Keputusan Kepala Daerah No. III/1966 tanggal 20 Oktober 1966. Sebanyak 13 orang diangkat untuk mewakili Golongan Politik. Mereka berasal dari PNI (6 orang), NU (2 orang), serta IPKI, PSII, Partai Katholik, Parkindo, Partindo (masing-masing 1 orang). Sedangkan wakil dari Golongan Karya diangkat sebanyak 17 orang, terdiri atas fraksi Angkatan Bersenjata (6 orang), rohaniawan (2 orang), pembangunan spiritual (5 orang), dan pembangunan materiil (4 orang).
Baru berjalan enam hari, pengangkatan tersebut direvisi dengan mengadakan open-talk. Pertemuan pada 26 Oktober 1966 itu dipimpin oleh Komandan Korem 072/Pekuper Yogyakarta/Kedu. Hasil pertemuan mengubah jumlah wakil dari kedua golongan, yakni 27 orang wakil berasal dari Golongan Politik dan 21 orang berasal dari Golongan Karya.