20 Mei 1908 Boedi Oetomo didirikan oleh para pelajar STOVIA (Sekolah Dokter Pribumi) di Batavia. Ia disebut sebagai organisasi modern pertama sehingga tanggal pendiriannya, 20 Mei ditetapkan sebagai Hari Kebangkitan Nasional.
Sebulan kemudian, Soewarno, sekretaris Boedi Oetomo, mengumumkan pendirian Boedi Oetomo di koran Bataviaasch Nieuwsblad.
“Dalam pernyataannya yang pertama ini Soewarno mengumumkan bahwa sidang umum (kongres, red.) pertama Boedi Oetomo akan diselenggarakan pada bulan puasa (Oktober) di Yogyakarta,” tulis sejarawan Akira Nagazumi dalam Bangkitnya Nasionalisme Indonesia: Budi Utomo, 1908-1918.
Pada 8 Agustus 1908 diadakan rapat di STOVIA untuk membahas segala hal mengenai kongres mendatang. Diputuskan kongres akan terbuka untuk umum, seseorang akan diutus untuk memberitahu gubernur jenderal tentang kongres itu, dan diharapkan gubernur jenderal memberikan pengakuan terhadap organisasi itu.
Selain itu, menurut sejarawan Abdurrachman Surjomihardjo dalam Budi Utomo Cabang Betawi, suratkabar Java Bode, 4 September 1908, memberitakan rapat Boedi Oetomo cabang Bogor yang dihadiri ketua cabang Betawi dan Bupati Temanggung yang kebetulan berada di Bogor.
Rapat memutuskan untuk menulis surat kepada gubernur jenderal guna meminta izin kongres di Yogyakarta. Diputuskan juga soal bahasa perantara yang akan dipakai di dalam kongres, yaitu bahasa Jawa, Melayu dan Belanda. Disinggung pula perlunya surat kabar yang akan menyuarakan Boedi Oetomo.
Baca juga: Benarkah Boedi Oetomo Anti-Islam?
Kehadiran Boedi Oetomo disambut baik. Menjelang diadakannya kongres pertama, Boedi Oetomo telah memiliki delapan cabang di Betawi, Bogor, Bandung, Yogyakarta I, Yogyakarta II, Magelang, Surabaya dan Probolinggo. Pada Juli, jumlah anggotanya sekitar 650 orang, meningkat menjadi 1200 orang pada September, di antaranya 700 orang priayi dan partikelir (swasta).
Abdurrachman mengungkapkan bahwa untuk membiayai kongres pertama Boedi Oetomo, para pelajar mengumpulkan dana dengan cara menjual arloji, kain panjang, ikat kepala, bahkan menyumbangkan tunjangan untuk bulan puasa.
Selain itu, Dr. F.H. Roll, direktur STOVIA yang berpikiran maju dan mendukung pelajar berorganisasi, memberi pinjaman untuk kongres pertama Boedi Oetomo.
Akhirnya, kongres pertama Boedi Oetomo bertepatan dengan bulan puasa digelar di Yogyakarta selama tiga hari, 3-5 Oktober 1908. Kongres dihadiri sekitar 300 orang yang memenuhi gedung Kweekschool (Sekolah Pendidikan Guru). Sebagian besar dari mereka adalah priayi yang berasal dari Jawa Timur, Jawa Tengah, dan Jawa Barat. Sejumlah bupati juga hadir; lainnya mengirim surat atau utusan. Hadir pula 15 atau 20 perempuan Jawa dan beberapa orang Eropa.