Sebelum berangkat ke negeri Belanda untuk berunding, delegasi Republik dan BFO (Majelis Permusyawaratan Federal) telah sepakat soal Irian Barat. Keduanya sama-sama berpendirian bahwa Irian Barat harus dimasukan ke dalam Republik Indonesia Serikat (RIS). Terlebih bagi BFO yang mewakili Negara Indonesia Timur (NIT) karena memiliki ikatan sejarah dan politik yang kuat dengan wilayah itu.
“Sukarno telah menginstruksikan agar Hatta tidak pulang (ke Indonesia) tanpa Irian Barat,” tulis Mavis Rose dalam Indonesia Free: A Political Biography of Mohammad Hatta.
Pada penghujung perundingan, Menteri Maarseveen menyingung isu sensitif. Dia mengecualikan wilayah Irian Barat dalam klausul penyerahan kedaulatan. Alasannya, Irian Barat bukan bagian dari Indonesia secara etnis dan kultural.
Hatta dan wakilnya Mr. Mohammad Roem dari delegasi Republik menyanggah argumentasi Maarseveen. Mereka menyatakan bahwa Irian Barat tak dapat dipisahkan dengan dalil perbedaan etnisitas ataupun kebudayaan. Secara politis, Irian Barat terintegrasi ke dalam koloni Hindia Belanda. Sementara pokok penyerahan kedaulatan Belanda kepada RIS didasarkan atas semua wilayah yang dahulu merupakan kekuasaan pemerintah Hindia Belanda.
Perwakilan BFO untuk NIT ikut menyampaikan pendapatnya melalui Ide Anak Agung Gde Agung. Perdana Menteri NIT tersebut menjelaskan bahwa sebelum menjadi salah satu keresidenan Hindia Belanda, wilayah Irian Barat merupakan vassal dari Kesultanan Tidore Maluku yang kini (pada perundingan) termasuk dalam lingkup NIT.
Menurut Agung, anggapan delegasi Belanda jika Irian Barat bukanlah lingkungan dari Indonesia tak dapat diterima dan sangat disesalkan. Tanpa mampu membantah apa yang dikatakan Hatta, Roem dan Agung, Menteri Maarseveen justru tetap pada pendiriannya. “Bahwa dengan sangat menyesal pemerintah Kerajaan Belanda tidak dapat memenuhi keinginan delegasi Indonesia,” demikian kata Maarseveen sebagaimana dikutip Agung dalam Dari Negara Indonesia Timur ke Republik Indonesia Serikat.
Perdebatan tentang Irian
Dalam KMB, sesungguhnya Belanda belum mau mengakui kekalahnnya sepenuhnya. Untuk melepaskan daerah jajahan yang sangat berharga, diperlukan undang-undang yang disetujui mayoritas duapertiga anggota Parlemen Belanda yang ketika itu dikuasai golongan konservatif.
“Dalam praktiknya itu berarti dua hal: dipertahankannya Papua Barat dalam kekuasaan Belanda dan pengaturan peralihan kedaulatan yang melindungi kepentingan ekonomi Belanda,” tulis Robert Elson, sejarawan Universitas Queensland yang mengkaji kawasan Asia Tenggara dalam The Idea of Indonesia. Dengan menguasai Irian Barat sekaligus akan menegakkan kembali harga diri Belanda sebagai salah satu negara imperialis terbesar di dunia.
Menurut Mavis Rose, Hatta tampaknya memahami hal tersebut sebagai penyebab keengganan pemerintah Belanda menyerahkan Irian Barat. Oleh sebab itu, Hatta tidak meneruskan perdebatan ke arah tuntutan yang lebih jauh. Lagi pula, dia tak ingin mengorbankan kesepakatan perundingan yang telah diperoleh jauh-jauh hari sebelumnya. Bagi Hatta, revolusi telah selesai dengan memperoleh kedaulatan politik. Misi pengakuan kedaulatan menjadi yang terpenting sedangkan masalah Irian Barat dapat diselesaikan di kemudian hari.
Berbeda halnya dengan Agung. Dia tetap berpandangan bahwa pemisahan Irian Barat dari RIS bertentangan dengan mandat yang diberikan kepadanya mewakili rakyat NIT. Hatta tak menampik pandangan Agung tersebut. Walau demikian, Hatta menambahkan jika perundingan KMB berakhir dengan kegagalan maka mereka akan pulang ke Indonesia tanpa pengakuan kedaulatan. Hal itu berarti perjuangan bersenjata untuk menghentikan penjajahan Belanda harus dilakukan bersama-sama.
Anjuran serupa juga disampaikan oleh delegasi Republik untuk bidang militer, Kolonel T.B.Simatupang terhadap kelompok BFO. Simatupang menyatakan bahwa keadaan militer Republik sedang mengalami kekurangan logistik (peluru dan persenjataan). Kondisi tersebut akan menyulitkan jika pengakuan kedaulatan harus diperoleh lewat perjuangan fisik kembali.
Pernyataan Simatupang itu bagi Arnold Mononutu – delegasi BFO mewakili parlemen NIT - memberikan pilihan yang sulit. Di saat yang sama, wilayah NIT juga sedang dikuasai oleh tentara Belanda. Dalam biografinya Arnold Mononutu: Potret Seorang Patriot yang ditulis Robert Nalenan, Arnold menyatakan BFO tidak akan mampu berbuat banyak untuk membantu Republik guna mengimbangi kekuatan militer Belanda yang jauh lebih kuat dan modern. Delegasi BFO akhirnya menimbang kembali tuntutannya. Usulan Hatta untuk berkompromi diterima.
Memprioritaskan Pengakuan Kedaulatan
Pada tanggal 31 Oktober, Merle Cochran dari UNCI membentuk suatu panitia kecil. Anggotanya terdiri dari Prof. Dr. Supomo (mewakili Republik), Mr. S. Blom (mewakili Belanda), dan Ide Anak Agung Gde Agung (wakil BFO). Panitia ini bertugas merancang formula untuk memecahkan masalah Irian Barat.
Pada pukul 2 dini hari tanggal 1 November 1949, tercapailah kompromi mengenai status Irian Barat yang dapat diterima semua pihak. Isinya: Irian Barat berada dalam status quo dibawah penguasaan Belanda dan perundingan akan dilanjutkan kembali setahun kemudian. Keesokan harinya, naskah piagam penyerahan kedaulatan telah dirampungkan.
Dengan status quo nya, pemerintah Belanda secara aktif melakukan perluasan wilayah eksplorasi di Irian Barat dengan membangun berbagai pos-pos pemerintahan. Kenyataan yang mesti di terima ini bertentangan dengan cita-cita Indonesia Raya dari Sabang sampai Merauke. Maka setelah itu, dimulailah perjuangan mengintegrasikan Irian Barat ke dalam Republik Indonesia.