Yogyakarta, 23 September 1963. Dengan suara lantang, Presiden Sukarno meneriakan seruan "ganyang Malaysia" di hadapan puluhan ribu rakyat. Teriakan itu kontan disambut secara antusias dan histeris oleh massa. Sejarah mencatat, itulah percikan awal aksi konfrontasi antara Indonesia-Malaysia mengemuka secara resmi. Pertikaian kedua negara serumpun itu sendiri bermula dari penolakan Indonesia terhadap pendirian Federasi Malaysia. Dalam pandangan Indonesia, pembentukan Federasi Malaysia tak lebih sebagai salah satu bentuk persekongkolan para kolonialis dan membahayakan Indonesia yang baru saja membebaskan diri dari penjajahan.

Pramoedya Ananta Toer dalam pengantarnya untuk buku karya Greg Poulgrain The Genesis of Konfrontasi: Malaysia, Brunei, Indonesia 1945-1965 menyebut konfrontasi sebagai upaya untuk membantu gerakan perjuangan antikolonialisme. Bagi Pram, alasan Inggris membentuk negara Federasi Malaysia lantaran mereka tidak siap untuk kehilangan sumber uang dari Malaya (nama lama dari Malaysia), Singapura, dan Kalimantan Utara (Brunai). Malaya merupakan penghasil timah, karet, dan minyak kelapa sawit. Sedangkan Brunai merupakan tambang minyak dan Singapura merupakan pelabuhan transit yang bisa dijadikan pusat kendali kekuasaan maupun ekonomi.

Sejarawan Baskara T. Wardaya dalam Indonesia melawan Amerika Konflik PD 1953-1963 menulis alasan lain yang membuat Sukarno menolak pendirian Malaysia. Dia merasa Inggris maupun Malaya telah melangkahi Indonesia dalam proses pendirian Malaysia. Hal itu diamini pula oleh sejarawan Asvi Warman Adam.

"Saya tidak melihat ada persoalan kolonialisme (terkait konfrontasi dengan Malaysia, red.). Ada ketersinggungan Sukarno pada Tun Abdul Rahman...” kata Sejarawan Asvi Warman Adam kepada Historia.

Sebelumnya, pada 16 September pemerintah Malaka dan Inggris mengumumkan pendirian Federasi Malaysia dengan cakupan wilayah Malaka, Singapura, Sabah, dan Sarawak. Dua jam sebelum pengumuman tersebut, Sekretaris Tetap Malaka untuk Urusan Luar Negeri Ghazali telah menghubungi Subandrio di Jakarta. Tetapi tak urung Indonesia tetap merasa terhina dengan pembentukan Malaysia. Pasalnya, ketidakpercayaan Indonesia terhadap hasil jajak pendapat tidak ditanggapi pihak Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB). Di hari yang sama gelombang protes besar dilakukan di depan Gedung Kedutaan Inggris di Jakarta. Massa menolak keputusan berdirinya Federasi Malaysia.

Sukarno kemudian menulis surat pada Presiden Amerika John F Kennedy bahwa ia menolak Federasi Malaysia karena meragukan hasil jajak pendapat yang dilakukan oleh tim Misi Michelmore. Sukarno bahkan mengutip laporan Sekretaris Jenderal U Thant yang mengatakan bahwa tim jajak pendapat kekurangn personil.

“Sukarno mengharapkan John F Kennedy untuk menjadi penengah dalam Konfrontasi Indonesia-Malaysia. Jadi ia meminta suatu jalan keluar yang tidak menyebabkan satu pihak kehilangan muka,” kata Asvi.

Pada 17 September 1963 Malaysia memutuskan hubungan diplomatiknya karena merasa tak terima dengan penolakan keras Indonesia. Tak mau kalah, Indonesia pun menghentikan hubungan dagang dengan Malaysia pada 23 September 1963. Dari pidato Sukarno di Yogyakarta, ia menegaskan keinginannya untuk menghancurkan Federasi Malaysia.

Pada 24 Desember 1963 Sukarno mengenalkan dua slogan baru dalam rangka mengganyang proyek neo-kolonialisme Malaysia. Rosihan Anwar menulis dalam bukunya Sukarno, Tentara, PKI: Segitiga Kekuasaan Sebelum Prahara Politik 1961-1965 dua slogan baru Sukarno, yakni “Maju Terus Jangan Mundur” dan “Ini dadaku, mana dadamu?”.