Sehari setelah menjabat sebagai Menteri/Panglima AD (Menpangad), Letjen Soeharto mengganti susunan Staf Umum Angkatan Darat (SUAD). Susunan staf yang baru diumumkan pada 16 Oktober 1965. Asisten III/Personalia Menpangad yang sebelumnya dijabat Mayjen Pranoto Reksosamodra digantikan oleh Brigjen Hartono Rekso Dharsono.
“Macam-macam fitnah mulai dilemparkan kepadaku yang akhirnya menyebabkan aku harus meringkuk dalam tahanan sebagai Tahanan Politik G30S/PKI,” ujar Pranoto dalam Catatan Jenderal Pranoto Reksosamodra: Dari RTM Boedu Oetomo sampai Nirbaya.
Berdasarkan surat perintah yang diteken Soeharto, Pranoto ditahan sejak 16 Februari 1966. Pranoto dituding berada di kawasan Halim Perdanakusuma bersama pemimpin PKI D.N. Aidit pada malam peristiwa G30S. Lain itu, Pranoto pada 19 November 1965 disebut-sebut mengadakan rapat besar di sejumlah kota di Jawa Tengah sembari membagikan senjata kepada orang-orang PKI. Antara lain: Kebumen, Kutoardjo, dan Purworejo.
Baca juga: Soeharto Seteru Pranoto
Bagi Pranoto, sangkaan-sangkaan atas dirinya itu ngawur sama sekali. “Kesemua tuduhan fitnah ini cukup aku sangkal dengan memberikan alibi-alibi yang dapat disaksikan oleh orang banyak,” bantahnya.
Semula Pranoto menjalani tahanan dengan status tahanan rumah. Namun, pada 4 Agustus 1969, dia dipindahkan ke Instalasi Rehabiltasi (Inrehab Nirbaya), Jakarta Timur. Pranoto sempat pindah sebentar ke RTM Boedi Oetomo kemudian kembali ke Nirbaya pertengahan 1971.
Di Nirbaya, Pranoto menempati kompleks penjara Blok Amal. Dia tinggal sekompleks bersama sejumlah tahanan politik (tapol) G30S lain. Mereka antara lain Laksamana Madya Omar Dani (eks menpangau), Astrawinata (eks menteri kehakiman), dan Mayjen Rukman (eks inspektur jenderal AD). Pranoto yang termasuk paling senior di antara para tapol, kemudian diangkat sebagai ketua RT Blok Amal.
Baca juga: Lambaian Jenderal Tapol
Pada 1975, masuk penghuni baru Blok Amal: Mochtar Lubis, pemimpin redaksi koran Indonesia Raya. Paviliunnya bersebelahan dengan paviliun Omar Dani. Berbeda dari kebanyakan penghuni Blok Amal. Mochtar Lubis dipenjara karena Indonesia Raya mengekspose peristiwa Malapetaka 15 Januari (Malari) 1974. Maka dari itu, sebutannya adalah “tahanan Malari”. Lubis sendiri dikenal sebagai pemuka pers anti komunis garis keras.
Dalam Nirbaya: Catatan Harian Mochtar Lubis dalam Penjara Orde Baru, Mochtar Lubis menggambarkan dengan gamblang tempat penahanannya. Perlengkapan hampir taka da. Sebuah meja, sebuah bufet, sebuah kursi tua, sebuah tempat tidur dengan kasur busuk, tanpa bantal atau sprei –tak ada bola lampu listrik. Kendati demikian, Nirbaya masih lebih baik ketimbang penjara macam RTM Boedi Oetomo.
Mochtar Lubis juga mengenang, makanan untuk dirinya sendiri saja tidak memenuhi syarat minimum kalori untuk makanan bergizi baik. Apalagi makanan untuk para tapol G30S, lebih buruk dan amat tidak memadai.
Baca juga: Kesaksian Tiga Eks Tapol 1965
Dalam kondisi yang memprihatinkan itu, para penghuni Blok Amal solider satu sama lain. Mochtar Lubis masih ingat suasana hangat ketika dirinya makan bersama Pranoto, Omar Dani, dan tahanan lain. Semuanya mengumpulkan makanan dari rumah (keluarga yang besuk), dan dimakan bersama-sama sebagai satu keluarga. Sementara itu, kesan khusus ditujukan Mochtar Lubis terhadap sosok Pranoto, sang ketua RT.
“Orangnya sih baik sekali, lembut, HIK Muhammadiyah dulu sekolahnya, suka gesek biola, memahat patung,” tutur Lubis dalam catatan harian bertanggal 6 Februari 1975 yang ditujukan kepada anak-anaknya. Dia juga mengenang Pranoto sebagai sosok humoris.
Setelah 15 tahun ditahan tanpa proses pengadilan, Pranoto baru dibebaskan pada 16 Februari 1981. Pranoto menggenapi nazarnya berjalan kaki dari Markas Kodam V Jaya ke rumahnya di Kampung Kramatjati, Jakarta Timur. Surat pemberhentian maupun pemecatannya dari dinas Angkatan Darat tidak pernah diterima. Hingga wafatnya pada 9 Juli 1992, Pranoto tidak mengetahui alasan dirinya dipenjara sebegitu lamanya.
Baca juga: Lima Jenderal yang "Dimatikan" Soeharto