Sepulang dari pendidikan di Amerika Serikat (AS), Mayor Boyke Nainggolan sedianya disiapkan menjadi perwira masa depan oleh Markas Besar Angkatan Darat. Namun dalam perkembangan selanjutnya ternyata Mayor Boyke justru bersilang pendapat dengan pemerintah. Dia tidak setuju dengan cara pemerintah pusat menyelesaikan masalah PRRI lewat operasi militer. Karena ketidaksetujuannya tidak digubris, maka komandan Batalion Pengawal Kota Medan itu pun bikin kejutan sebagai wujud koreksinya.

“Mayor Boyke Nainggolan di Medan melakukan kudeta yang (dia) menamakan Operasi Sabang-Merauke,” ungkap Dinas Sejarah TNI dalam Biografi Jenderal Besar Dr. A.H. Nasution: Perjalanan Hidup dan Pengabdiannya.

Aksi pembangkangan Mayor Boyke terhadap pemerintah pusat itu terjadi pada 16 Maret 1958. Nainggolan bergerak setelah Mayor Jenderal Abdul Haris Nasution, Kepala Staf Angkatan Darat (KSAD), “menghukum” kekuatan PRRI lewat “Operasi Tegas” di Pekanbaru, Riau. Pasukan Nainggolan berasal dari Batalion Infantri 131 yang sebelumnya di bawah pimpinan koleganya, Mayor Henry Siregar.

Dalam waktu sehari, Nainggolan berhasil menguasai kota termasuk memborbardir pangkalan AURI di Polonia. Stasiun Radio Republik Indonesia (RRI) Medan pun diduduki untuk kemudian menyiarkan aksi Operasi Sabang-Merauke. Nainggolan menyatakan dirinya sebagai pendukung gerakan daerah sekaligus mengultimatum pemerintah pusat.

Selain itu, Nainggolan memerintahkan pasukannya menangkap pejabat-pejabat yang berpihak kepada pemerintah pusat. Atas aksi tersebut, Kolonel Djatikusumo, Deputi KSAD Nasution dan Koordinator Operasi Militer di Sumatra, terpaksa melarikan diri ke Pelabuhan Belawan di pantai timur. Di sana, Djatikusumo mencari perlindungan kepada pihak Angkatan Laut RI. 

Hoegeng Iman Santoso, waktu itu menjadi kepala reserse kriminal kepolisian Sumatra Utara  mengenang suasana mencekam. Di sepanjang jalan, terlihat truk-truk dengan bendera putih yang memberi indikasi PRRI. Pada saat hujan mortir menggoncang keheningan di Polonia, datanglah komando pusat baik dari Nasution maupun Kepala Staf Angkatan Udara Laksamana Suryadarma.

“Isinya perintah, agar Polonia dipertahankan sampai titik darah penghabisan!” ujar Hoegeng dalam otobiografinya Hoegeng: Polisi Idaman dan Kenyataan yang disusun Abrar Yusra dan Ramadhan K.H.   

Selain merebut kota, pasukan Boyke Nainggolan menggedor Bank Indonesia cabang Medan. Dalam Sejarah Rumpun Diponegoro dan Pengabdiannya yang diterbitkan Kodam Diponegoro disebutkan bahwa uang-uang yang ada di bank-bank dirampas oleh Nainggolan. Uang tersebut digunakan Nainggolan untuk mendanai prajurit-prajurit yang ikut bergabung dengannya.

Setelah mendapat kabar pemerintah pusat akan mengerahkan pasukan elite RPKAD ke Medan, pasukan Nainggolan lantas mengundurkan diri ke pedalaman Tapanuli. Dia membawa serta ratusan prajuritnya, sejumlah besar senjata, dan uang jarahan sekira seratus juta rupiah dari Bank Indonesia cabang Medan. Setiba di Tarutung, Boyke Nainggolan menggabungkan diri dengan atasannya, Kolonel Maludin Simbolon yang telah lebih dahulu membentuk basis perjuangan.

Keyes Beech, jurnalis Amerika Serikat yang menjadi koresponden Los Angeles Times untuk Timur Jauh mencatat, dari uang hasil rampasan Nainggolan sebanyak 10 juta dolar Amerika digunakan untuk membiayai perjuangan PRRI.  

“Para koresponden Amerika,” tulis Keyes dalam Not Without the Americans: A Personal History, “dengan bangga mencatat bahwa Nainggolan adalah lulusan kehormatan Sekolah Staf dan Komando Forth Leavenworth.”