Di awal kemerdekaan, pemerintah Indonesia hendak membangun tradisi ilmiah baru yang nasionalis. Pemerintah menasionalisasi lembaga-lembaga ilmiah yang telah berdiri sejak masa kolonial dan menyingkirkan para administrator ilmiah Belanda pada 1950-1951.
“Dan saat itu para ilmuwan Indonesia bertanggung jawab atas upaya penciptaan berbagai disiplin ilmu pengetahuan Indonesia,” tulis Andrew Goss dalam Belenggu Ilmuwan dan Pengetahuan: Dari Hindia Belanda sampai Orde Baru.
Salah satu bidang yang menjadi titik mula pengembangan sains adalah biologi. Tokohnya Koesnoto Setyodiwiryo, sarjana pertanian dari Wageningen University, Belanda. Semasa pendudukan Jepang dia menjabat Kepala Biro Penelitian Pertanian dan pada medio 1950 menjabat Direktur Kebun Raya Bogor. Dialah yang berinisiatif bahwa disiplin biologi profesional harus dikembangkan oleh ahli biologi Indonesia sendiri.
Pada 1950-an, calon ahli biologi mulai dididik di ITB, UI, dan UGM. Tetapi, lulusannya belum bisa memenuhi kebutuhan staf di lembaga-lembaga ilmiah yang ada. Sementara itu, staf ilmiah bangsa Belanda sudah jauh berkurang. Itu membuat akselerasi pengembangan biologi Indonesia seret.
Masalah lain, ungkap Andrew Goss, kebanyakan ahli biologi akademik Indonesia yang baru lulus langsung diserap sebagai pengajar oleh jurusan biologi universitas mereka masing-masing.
Keadaan inilah yang mendorong Koesnoto mengajukan ide mendirikan Akademi Biologi dalam Departemen Pertanian. Ide ini disetujui pada 28 Mei 1955. Akademi ini akan terhubung dengan Kebun Raya Bogor dan lulusannya akan diwajibkan bekerja di sana.
Pada 10 Oktober 1955, Akademi Biologi yang didirikan Departemen Pertanian dan berlokasi di Kebun Raya Cibodas, Bogor, diresmikan Wakil Presiden Mohammad Hatta. Hadir pula Menteri Pertanian Mohammad Sardjan.
Akademi Biologi didirikan guna menyediakan tenaga ahli biologi bangsa Indonesia yang profesional dan lepas dari pengaruh kolonial. Diharapkan lulusannya bisa mengisi kekosongan yang ditinggalkan para ilmuwan Belanda.
Di awal pendiriannya, Akademi Biologi mencetuskan mimpi besar. “Akedemi Biologi berjanji akan menghasilkan 30 lulusan ahli biologi Indonesia per tahun dan dimaksudkan untuk mendekolonisasi biologi Indonesia,” terang Andrew Goss.
Pembiayaan Akademi Biologi diperoleh dari bantuan Yayasan Ford. Perkuliahannya menggunakan sistem yang dipakai di sekolah tinggi Amerika Serikat. Semua mahasiswa mengikuti kurikulum yang sama dan mengikuti ujian di akhir perkuliahan selama tiga tahun. Sistem ini belum lazim untuk saat itu karena umumnya masih dipakai sistem liberal.
“Dari akademi inilah muncul generasi pertama ahli biologi Indonesia, satu generasi ilmuwan berbakat, idealis, dan patriotik yang akan memimpin biologi profesional Indonesia setelah 1966,” tulis Andrew Goss.
Setelah setahun, karena sering mendapat gangguan dari DI/TII SM Kartosoewirjo, Akademi Biologi dipindahkan ke Kompleks Pertanian Ciawi, Bogor. Akademi Biologi juga berubah nama menjadi Akademi Pertanian. Akademi Pertanian Ciawi berlangsung hingga meluluskan sembilan angkatan. Pada 1968, dengan pertimbangan jumlah lulusan perguruan tinggi sudah memadai, Akademi Pertanian Ciawi ditutup.