PADA akhir Januari 1965, Peleton I/Kompi D seharusnya sudah kembali ke basis karena perbekalan sudah habis sehingga mereka makan dedaunan. Pasukan di bawah komandan Peltu Umar ini bagian dari Operasi Kilat yang mengerahkan empat Kompi Yon 330/Kujang, pasukan RPKAD, dan Kompi Raiders/Hasanuddin.
Peltu Umar meneruskan patroli sepanjang Sungai Lasolo karena mendapat petunjuk baru letak markas Kahar Muzakkar, pemimpin DI/TII (Darul Islam/Tentara Islam Indonesia) yang mendeklarasikan Republik Persatuan Islam Indonesia (RPII). Markas persembunyian Kahar dibocorkan oleh perwira kepercayaannya, Letkol Kadir Junus yang menyerahkan diri kepada TNI. Dia memberitahu bahwa Kahar bersembunyi di suatu tempat di Sulawesi Tenggara, sekitar Sungai Lasolo, Kabupaten Kendari. Tetapi, menurut Brigjen TNI M. Jusuf, Panglima Operasi Kilat, kepastian persembunyian Kahar didapat setelah pasukan RPKAD menyergap sekelompok orang di sekitar Lawate pada 22 Januari 1965. Di antara dokumen yang disita terdapat surat-surat yang baru ditulis oleh Kahar kepada Mansjur.
Pada awal Februari 1965, Peltu Umar dan pasukannya berhasil menangkap Menteri Kesehatan RPII dengan 144 orang penduduk dan pengikutnya. Dari mereka diperoleh informasi yang memastikan posisi markas Kahar. Keesokan hari, pasukan Peltu Umar melihat seorang membawa senjata sedang naik rakit menuju perkemahan terdiri dari bivak-bivak berjejer di tepi sungai. Mereka melihat lebih banyak lagi orang bersenjata yang mandi di sungai.
“Sayup-sayup terdengar suara radio transistor, dan lagu yang keluar dari radio adalah lagu kenang-kenangan. Ini, menurut penunjuk jalan mereka, adalah lagu kesayangan Kahar,” kata M. Jusuf dalam biografinya, Panglima Para Prajurit karya Atmadji Sumarkidjo.
Baca juga: Wartawan hingga penduduk biasa berkisah tentang Kahar Muzakkar
Pada dini hari, 3 Februari 1965, Peltu Umar memerintahkan 30 orang pasukannya menyeberangi sungai dan mengepung perkemahan. Empat prajurit ditinggal di seberang sungai untuk mencegah ada yang melarikan diri. Mereka mengepung sambil menunggu terang tanah agar bisa melihat sasaran dengan lebih jelas. Pukul 4.00, beberapa orang keluar dari bivak menuju sungai. Empat prajurit menembak orang itu disusul tebakan-tembakan dari prajurit yang mengepung perkemahan. Kepanikan menyergap para penghuni bivak. Pertempuran hanya berlangsung lima menit. Mayat-mayat yang ada dikumpulkan untuk diidentifikasi. Salah satunya diyakini mayat Kahar, orang yang ditakuti sejak tahun 1950 dan mengangkat dirinya sebagai khalifah RPII. Kahar meninggal akibat tembakan peluru tepat di Hari Raya Idulfitri pada 3 Februari 1965.
Mayat Kahar dinaikkan ke rakit untuk dibawa ke pos TNI terdekat. Dari pos tersebut barulah informasi kematian Kahar disampaikan melalui radiogram ke pos komando di Pakue. M. Jusuf dan Brigjen TNI Rukman kebetulan berada di sana sedang merayakan Lebaran bersama pasukannya. Jusuf lalu meneruskan berita kematian Kahar kepada Menteri/Pangad Letjen TNI Achmad Yani yang saat itu juga langsung melaporkannya kepada Presiden Sukarno.
Dari pos komando Pakue, Jusuf membawa jenazah Kahar dengan helikopter Mi-4 ke bandar udara Hasanuddin di Makassar. Achmad Yani mengutus Deputi I/Pangad Mayjen TNI Moersid untuk memastikan yang mati benar-benar Kahar. Setelah melihat jenazah itu di bandara, Moersid dibekali sejumlah foto segera terbang ke Jakarta untuk melaporkannya kepada Achmad Yani.
Baca juga: Operasi TNI menyelamatkan seorang pastor yang diculik Kahar Muzakkar
Jenazah Kahar lalu dibawa ke rumah sakit tentara di Makassar. Jusuf memberikan kesempatan kepada masyarakat untuk melihat jenazah itu dan memastikan sendiri bahwa yang mati benar-benar Kahar.
“Sejak di Pakue saya telah memastikan bahwa yang meninggal adalah Kahar,” kata Jusuf. “Ciri utama dari Kahar adalah tahi lalat, gigi emas, dan yang paling penting adalah celana dalam dengan bordiran huruf KM (Kahar Muzakkar). Beliau tidak mau memakai sembarang celana dalam, kecuali yang dibordir khusus oleh istrinya yang keempat.”
“Salah satu orang yang mendapat kesempatan langka memotret jenazah Kahar adalah wartawan Boet Ph M. Rompas. Dia juga memotret celana dalam Kahar dengan inisial dua huruf KM yang jelas terlihat,” tulis Atmadji. Berpuluh tahun kemudian ketika ada yang menyebarkan isu bahwa Kahar masih hidup, foto-foto itu ditunjukkan dan menjadi bukti yang tidak bisa dibantah.
Sejak diizinkan sampai petang, masyarakat, pejabat, wakil rakyat dan bekas anak buahnya, berdatangan ke rumah sakit untuk memastikan wajah Kahar. Setalah itu, Jusuf memerintahkan jenazah Kahar dikuburkan. Hanya sedikit pejabat militer yang mengetahuinya di mana Kahar dikuburkan. Jusuf dan Kolonel Solichin GP, Kepala Staf Operasi Kilat, tidak pernah menceritakan di mana Kahar dimakamkan dan siapa yang diperintahkan memakamkannya.
“Jusuf sendiri tetap konsisten dengan sikapnya, dan tidak pernah mau menceritakan di mana dia memerintahkan Kahar Muzakkar dimakamkan sampai dia meninggal pada September 2004,” tulis Atmadji.