Mufakat dari Perjanjian New York menyebabkan orang-orang Belanda di Papua angkat kaki. Rumah-rumah milik mereka ditinggalkan begitu saja. Menyusul kemudian kedatangan tentara Pakistan dibawah bendera Perserikatan Bangsa-Bangsa (UNTEA) ke Papua. Migrasi ini menandai peralihan kekuasaan di Papua dari Belanda kepada Indonesia.
“Menurut New York Agreement tentara PBB sebanyak 1.500 orang militer Pakistan bersama Algemenee Politie dan Papua Vrijwilingers Korps (polisi kota Batalion Papua), lalu ditambah satu pasukan militer Indonesia, yang sebanyak militer PBB, akan menjamin keadaan penduduk,” kata Amapon Jos Marey, kepala imigrasi UNTEA di Jayapura dalam bunga rampai Bakti Pamong Praja Papua: Di Era Transisi Kekuasaan Belanda ke Indonesia.
Dalam perjanjian disebutkan, Indonesia akan menerima kedaulatan penuh atas Papua pada 1 Mei 1963 setelah UNTEA menyelesaikan tugasnya. Selama masa transisi, sebanyak mungkin orang-orang Papua ditempatkan pada kedudukan-kedudukan administratif dan teknis. Sedangkan pejabat Belanda atau Indonesia, bila diperlukan, bisa diperbantukan atas seizin Sekjen PBB. Namun, sejak Oktober atau November 1962, pendatang Indonesia yang tergabung dalam Kontingen Indonesia (Kontindo) mulai berdatangan ke Papua.
Baca juga:
Pertaruhan Sukarno untuk Papua
Kontindo seperti tersua dalam buku 10 Tahun Kodam XVII/Cenderawasih dipimpin oleh Kolonel Soedarto. Anggotanya berasal dari semua unsur-unsur angkatan. Kebanyakan dari mereka merupakan pasukan yang telah diterjunkan dalam operasi militer pembebasan Irian Barat. Mereka tersebar di sejumlah kawasan seperti Merauke, Kaimana, Fak-Fak dan Sorong. Secara organik, Kontindo berada di bawah dan merupakan bagian dari ABRI. Tetapi, secara taktis Kontindo berada di bawah komando United Nations Security Forces (UNSF).
Sejak awal kedatangannya, Kontindo telah menggoreskan luka di hati orang Papua. Di berbagai wilayah Papua, Kontindo menjadi kalap. Disaksikan rakyat setempat, mereka melakukan perbuatan memalukan dengan menggasak harta benda dari rumah-rumah peninggalan orang Belanda.
Jos Marey menuturkan, oknum-okum dari Kontingen Indonesia kerap terlibat dalam aksi pencurian dan perampokan yang terjadi di kota setiap hari. Sayangnya, polisi kota sudah lumpuh dan militer Pakistan tidak bisa berbuat apa-apa. Keadaan itu membangkitkan kemarahan masyarakat setempat.
Baca juga:
Pepera: Bersama Indonesia atau Mati
Sementara itu, Dorus Rumbiak, pejabat kontrolir di Wamena menyaksikan aksi penjarahan merajalela begitu tentara Indonesia dan pegawai-pegawai Indonesia datang. Mereka pulang membawa kopor-kopor berisi barang-barang yang ditinggalkan orang Belanda. Penduduk lokal takjub penuh keheranan melihat orang Indonesia yang datang hanya untuk menjarah.
“Saya saksikan sendiri penjarahan secara besar-besaran. Kami marah-marah karena semua yang dianggap penting dibawa pergi oleh orang-orang Indonesia,” kenang Rumbiak dalam “Dua Kunci Memikat Orang Baliem” terkisah di bunga rampai Bakti Pamong Praja Papua suntingan Leontine E. Visser dan Amapon Jos Marey .
Menurut sejarawan Belanda, Pieter Drooglever dalam Tindakan Pilihan Bebas: Orang Papua dan Penentuan Nasib Sendiri, masuknya pegawai-pegawai dan tentara Indonesia tidak sesuai rencana. Mereka beroperasi dan menjalankan tugas sebelum waktunya. Padahal, kesepakatan mengenai mengenai kedatangan orang Indonesia secara besar-besaran baru dimulai sesudah pemerintahan peralihan UNTEA berakhir. Tanpa sepengetahuan dari Sekjen PBB di New York maka pelanggaran seperti ini bisa berlangsung. Dengan latar belakang demikian, penyalahgunaan wewenang di Papua rentan sekali berlanjut.
Baca juga:
Kemenangan yang Ternoda di Papua
Jenderal Abdul Haris Nasution mengakui telah terjadi salah urus pengelolaan negara di Papua. Pada Oktober 1964, Nasution yang menjabat Menteri Pertahanan dan Keamanan berkunjung ke Papua yang masih bernama Irian Barat. Saat itu, Nasution meninjau Operasi Karya yang dikerjakan satuan-satuan KKO untuk membuat jalan ke pedalaman Pulau Biak. Setiba di sana, Nasution terkejut menyaksikan betapa mundurnya pengelolaan fasilitas maupun sarana pelayanan masyarakat.
Gedung-gedung peninggalan Belanda sudah banyak yang terlantar. Yang paling menyolok adalah hotel yang satu kompleks dengan pelabuhan udara. Orang-orang Belanda dulu telah membuatnya cukup lengkap dan rapi, karena merupakan stasiun ujung rute penerbangan KLM dari Amsterdam ke Biak. Namun, dalam kunjungan Nasution, kamar-kamar sudah tidak terpelihara lagi. Ketika Nasution mengecek toilet, ternyata air sudah tidak jalan dan sisa buang hajat bekas orang lain masih tertinggal disitu.
Perkara penjarahan, Nasution pun mengonfimasi kabar tersebut. Dia sempat mendengar laporan tidak resmi bahwa pasukan Pakistan yang menjaga keamanan cukup banyak membawa barang-barang ketika mereka pulang ke negaranya. Akibat tindakan tersebut, komandan pasukan Pakistan berpangkat brigadir jenderal itu dihukum setiba di Pakistan.
“Terus terang TNI masih ketinggalan dalam hal ini. Memang menurut briefing yang saya peroleh, juga oknum-oknum TNI dan pegawai sipil, telah banyak ikut ‘mempreteli’ Irian Barat,” ungkap Nasution dalam memoarnya Memenuhi Panggilan Tugas Jilid 6: Masa Kebangkitan Orde Baru.
Baca juga:
Papua di Antara Bung Besar dan Sang Jenderal
Aksi penjarahan itu makin liar hingga tahun-tahun menjelang pelaksanaan Penentuan Pendapat Rakyat (Pepera) yang begitu krusial bagi pemerintah Indonesia. Pejabat Presiden Soeharto sampai menujuk Brigjen Ali Moertopo untuk merancang operasi khusus (opsus) pemenangan Pepera. Tim opsus ditugaskan melancarkan gerilya untuk merebut hati masyarakat Papua. Setibanya di Papua, mereka menemukan fakta mencengangkan.
“Seluruh wilayah sudah dijarah oleh Angkatan Bersenjata kita. Situasi ini disebabkan kondisi ekonomi Indonesia semakin memburuk. Apapun yang saya periksa telah dijarah,” kata Jusuf Wanandi dalam Menyibak Tabir Orde Baru: Memoar Politik Indonesia 1966—1998.
Jusuf Wanandi, anak buah Ali Moertopo dalam operasi khusus pemenangan Pepera itu juga mengakui terjadinya praktik penjarahan. Dalam memoarnya, Jusuf mencatat tim opsus mulai bergerak ke Papua pada Mei 1967. Saat tiba di Papua, kelangkaan bahan pokok melanda masyarakat sebab makanan dan barang-barang lain sudah kehabisan persediaan. Botol bir dan alat-alat listrik bahkan sukar ditemui lagi karena sudah diboyong ke Jawa atau daerah lain di Indonesia.
Baca juga:
Keadaan di Papua, menurut Jusuf Wanandi memang terlantar sejak wilayah itu diserahkan ke Indonesia. Pengabaian itu terutama dipengaruhi krisis nasional yang berkembang di Jakarta. Akibatnya, sentuhan dan perhatian pemerintah tidak berhasil menjangkau masyarakat Papua.
“Jelas penduduk sangat marah kepada Indonesia karena penjarahan dan ketidakpedulian,” kata Jusuf Wanandi, “Kalau Pepera diadakan pada waktu itu juga, kita pasti akan kalah.”