Tentara Belanda mencium adanya rapat merencanakan Serangan Umum 1 Maret 1949 di Kepatihan Danurejan. Maka, esok harinya, mereka menyerbu kantor Sultan Hamengku Buwono IX itu.
Mula-mula mereka mendatangi kantor sekretariat Dewan Pertahanan Daerah yang menempati ruangan di sebelah barat bangsal Kepatihan. Tempat ini diobrak-abrik dan para pegawainya ditawan. Setelah itu, mereka mengobrak-abrik seluruh kantor.
“Banyak barang diangkut oleh tentara Belanda, menurut Hamengku Buwono IX termasuk surat-surat penting, naskah skripsi yang disusun ketika belajar di Negeri Belanda, dan juga rencana lengkap dari demokratisasi desa sebagaimana telah diterapkannya pada akhir zaman Jepang di Yogyakarta,” demikian tercatat dalam Takhta untuk Rakyat: Celah-celah Kehidupan Sultan Hamengku Buwono IX.
Sultan kemudian protes kepada Mayor Jenderal Meyer, panglima pasukan Belanda: “Kejadian di kantor Kepatihan beberapa hari yang lalu telah sangat menyinggung kehormatan saya. Anak buah Anda telah bersikap sangat tidak sopan dan mengadakan perampokan.”
“Soal Kepatihan itu bukan instruksi saya,” kata Meyer.
“Apalagi jika tanpa instruksi, berarti anak buah Anda berbuat di luar perintah dan indisipliner. Dan sekarang ini pun hal yang sama dapat tuan lakukan di Keraton saya karena tuan bersenjata dan saya tidak. Akan tetapi sebelum tuan melakukan itu, tuan harus membunuh saya dulu,” tegas Sultan.
Mendengar perkataan tersebut, Meyer dan tujuh orang rekannya gagal menundukkan Sultan untuk mengajaknya bekerja sama dengan Belanda.